会社は、労働者を解雇しようとする場合、30日以上前に解雇予告をするか、平均賃金30日分以上の解雇予告手当を支払わなければいけません。ただし、天災事変により事業の継続ができなくなった場合や、労働者の側に即時解雇されるほどの重大な解雇理由がある場合、労働基準監督署の除外認定を受けることで、解雇予告は不要となります。これらは、労働基準法において、解雇する際の手続きとして定められています。ところで、労働基準法の持つ性格の一つは、「最終的に刑事罰をもって実効性を担保している行政取締法」であることです。仮に除外認定を受けたとしても、それは手続きとしての解雇予告が不要になるというだけのことであり、民事上その解雇が有効であるかどうかとはまったくの別問題です。労働基準監督署が、その解雇にお墨付きを与えたわけではないのです。なぜなら、解雇は、客観的に合理的な理由があり、社会通念上相当と認められない限り無効なのですが、その判断をするのは労働基準監督署ではないからです。
したがって、労働基準監督署が解雇予告は不要と認定しても、民事裁判においてその解雇は無効と司法判断される可能性もあります。また、その逆に解雇予告除外が不認定であっても、解雇有効となる可能性もあります。
ご質問のケースは、少なくとも会社は労働基準法の手続きには従ったことになります。あなたの方が解雇効力について争うなら、何らかの紛争解決制度(究極的には裁判)を利用することになります